Deoxys - Alma Gêmea Como já é de costume dos filmes Pokémons, outra introdução às "criaturas de bolso" é feita pelo narrador. Pokémons que vivem na terra, na água e no mar são mostrados, e imagens de histórias Pokémons passadas são repassadas. Finalmente o narrador apresenta Ash Ketchum da cidade de Pallet, que dessa vez terá uma aventura marcada pela aparição de um Pokémon vindo de outro mundo. No espaço, um cometa continua sua trajetória. Logo, na superfície de um estranho lugar e sob um grande luar, centenas de Spheals, Sealeos e Walreins aparecem. Essa é uma zona polar e de longe o professor Lund e sua assistente Yuko observam um garoto chamada Tory ir em direção aos Pokémons. Ele acaricia um Spheal mas se detém quando observa uma linda aurora no céu. Mais acima, o Pokémon Rayquaza acompanha a chegada do cometa, que colide fortemente em uma região distante e assusta os Pokemons. O pedaço de gelo em que Tory está se quebra e o garoto pára no meio do estouro de Pokémons, mas é resgatado pelo professor Lund. No local da colisão onde emana uma forte luz, um Pokémon com uma sinistra luz roxa no peito aparece. Com uma espécie de raio, ele parece analisar o solo e começa a se agitar. Ele consegue dissipar a poeira que o rodeava e transformando seus tentáculos em mãos, pega uma rocha com um cristal verde na parte superior. Ele libera uma estranha luz roxa de seu peito que vai até o céu e desaparece. Então Rayquaza aparece e congela o Pokémon espacial chamado Deoxys com um poderoso ataque. Deoxys consegue sair do gelo e Rayquaza continua a ataca-lo. Sendo atingido por um raio de Rayquaza, Deoxys regenera facilmente seus tentáculos direitos que foram arrancados. Deoxys então se transforma na chamada Forma Ataque e com um rápido disparo, lança Rayquaza ao chão. A batalha continua e Deoxys consegue derrubar Rayquaza sobre uma barraca dos pesquisadores. O Pokémon espacial pretende disparar novamente mas algo o impede e ele se transforma na chama Forma Defesa, para bloquear um poderoso raio de Rayquaza. A batalha continua e eles acabam com parte do acampamento dos pesquisadores e com um grande navio. Deoxys consegue acertar Rayquaza e derruba-lo na água, mas quando se aproxima para conferir, Rayquaza o ataca, restando apenas a grande pedra roxa localizado no peito de Deoxys, que se perde nas profundezas daquelas águas. Rayquaza vai embora e Lund, Yuko e Tory vão embora dali de helicóptero, que também leva a grande rocha com o estranho cristal verde. Quatro anos depois, Tory está em um jardim e Lund e Yuko continuam suas análises falhas do cristal verde. Tentando chegar em um ponto mais fundo do cristal, eles acabam danificando uma máquina e planejam continuar os testes quando houverem consertado. Quando Yuko vai sair do laboratório, o cristal verde brilha de modo estranho novamente, como ela diz. Longe dali, vindo de baixo de uma camada de gelo, Deoxys volta a aparecer. Na cidade de LaRousse, Ash, Brock, May e Max estão em um mêtro para irem ao Battle Tower, acompanhados pela Equipe Rocket no submarino Magikarp, que é danificado quando bate em uma rocha. Em um parque, a cidade mostra que é bem desenvolvida tecnológicamente e um Plusle e um Minun aparecem brincando em uma evoluída lata de lixo. Eles acabam tombando a lixeira e vão embora, cabendo à um Munchlax desvirá-la. Ele também tenta acertar uma garrafa vazia que caiu do lixo com um chute, mas erra a pontaria. Os heróis chegam a estação e são recebidos por um simpático robô, que tira uma foto de cada um para colocar em seus passaportes, no qual eles precisam usar enquanto estão em LaRousse. Ash planeja ir à Battle Tower mas se atrapalha com algumas esteiras rolantes que haviam ali, onde escapa com a ajuda de Ryu e seu Blaziken. Os heróis se juntam a ele, a suas irmãs gêmeas Audrey e Catherine, e a Shota. No caminho, eles encontram Hitomi, que planeja batalhar com Ryu na Battler Tower, onde eles logo chegam. Ash acaba se perdendo por ali e chega na biblioteca da torre, tentando pedir informação à Tory, que parece se assustar com Pikachu e foge para um elevador próximo, seguido de Ash. Ele ainda tenta falar com Tory mas eles chegam até um andar onde são empurrados por um homem e são inscritos automaticamente, através de seus passaportes, para uma batalha. Eles passam por uma esteira, sobem um elevador e vão parar em uma grande arena cercada por uma platéia lotada, onde estão os restantes dos heróis. Eles entram em uma batalha em dupla: Ash e Tory, contra Ryu e Shota. No chamado campo vermelho, Ryu usa seu Blaziken e Shota libera seu Blastoise, enquanto no campo azul Ash escolhe seu Pikachu. Tory diz que não tem nenhum Pokémon e Ash empresta seu Torkoal. A situação do campo azul fica crítica quando Tory mostra não saber lhe dar com os Pokémons, aparentemente tendo um trauma de infância, quando quase foi pisoteado pelos Walreins assustados. Ash se dispõem a lutar sozinho, mas ambos são derrotados por um poderoso ataque de fogo de Blaziken. Os derrotados vão ao andar de baixo pelo elevador, onde Tory encontra seus pais Lund e Yuko. Enquanto Yuko fala do trauma de seu filho aos heróis, Tory se entristece ao lado de algumas fontes e acaba se assustando com o Plusle. Parece que o Pokémon quer que Tory o ajude a soltar seu colega Minun de uma lata de lixo. Ash, May, Max e Brock planejam tirar o medo de Pokémons do Tory, que com um pedaço de madeira consegue tirar Minun dali. Minun se prepara para agradecer Tory, mas o garoto foge, amedrontado. Plusle e Minun vão embora e Munchlax aparece novamente para arrumar o lixo, pegando uma garrafa vazia e, dessa vez, acertando-a com um chute. Dentro de uma estranha estufa triangular, Tory chama por alguém e fala que salvou um Minun para uma estranha entidade, sem forma definida. Nesse momento, Deoxys aparece voando, e de cima de uma torre, forma uma estranha aurora roxa, chamando a atenção de várias pessoas. Dentro da estufa, Ash pergunta com quem Tory está falando. A estranha entidade desaparece atrás de Tory, junto com a aurora de Deoxys. Tory tenta fugir de Ash, mas o treinador o persegue. Enquanto isso, a Equipe Rocket parece faminta e tenta conseguir um hambúrguer de uma máquina, mas não possuem o passaporte, que é usado para tudo nessa cidade. Como entraram ali ilegalmente, tentam pegar o hambúrguer com violência, e Jessie é atacada por robôs guardiões. Enquanto isso, Ash ainda tenta ajudar Tory, mas eles acabam brigando. May aparece para intervir e Brock tem a idéia de fazer um almoço ao ar livre. Com Pokémons selvagens aparecendo, Brock os alimenta com sua ração e Tory quase cumprimenta Pikachu, mas vai embora, enquanto o almoço dos heróis é atacado por Munchlax. Munchlax come um prato inteiro e May tenta para-lo, mas o Munchlax dá um enorme salto e estranhamente vai embora. Chegam também Plusle e Minun que comem junto com Pikachu. No fim da tarde, Deoxys está mais no centro da cidade e faz uma varredura na região com seu poder psíquico, espantando alguns Murkrows que haviam ali. Usando seu raio mais uma vez, ele analisa o local e acaba danificando duas escadas rolantes, que ficam excepcionalmente rápidas, e uma fonte, que passa a jogar muita água para cima. Deoxys continua a sobrevoar a cidade e produz a aurora roxa mais uma vez, que em um hotel, é avistada pelos heróis. Ali Hitomi diz que é impossível eles poderem ver aquilo naquela região, e Ash planeja lutar contra Ryu mais uma vez na Battle Tower. Tory aparece e oferece Biscoitos Pokémons que sua mãe falou para todos comerem. No playground, enquanto Hitomi pesquisa mais sobre a aurora, todos liberam seus Pokémons para que se divirtam. As gêmeas Audrey e Catherine mostram que possuem um Surskit e um Masquerain. Tory também se diverte, mas nunca encosta nos Pokémons. Jessie, James e Meowth aparecem para roubar a comida dos heróis, mas Munchlax é mais rápido e some com todos os sanduíches. A aurora desaparece e Deoxys surge fazendo outra varredura com seu poder psíquico, dessa vez empurrando alguns Seels e Dewgongs, além de analisar novamente com seu raio. Longe dali, Rayquaza se agita e voa para longe. Tory conversa com Ash e Pikachu sobre como era sozinho, já que seus amigos sempre estavam acompanhados de Pokémons. Ele lentamente leva sua mão até Pikachu para acaricia-lo, mas Corphish se entromete e o assusta. No dia seguinte, Tory leva todos até a estufa triangular e os apresenta a estranha entidade. Todos soltam seus Pokémons para que a estranha criatura os conheça, inclusive Hitomi, que libera seu grande Metagross. Os radares da cidade vêem a chegada de Rayquaza e Yuko, através de uma das câmeras da cidade, avista Deoxys. Temendo que os dois Pokémons brigassem, o professor Lund pede para que a cidade seja evacuada. Lá fora, Deoxys faz uma análise sobre as esteiras rolantes que Ash passou e as quebra, deixando-as bem rápidas. Na estufa, a entidade desaparece e Tory tenta usar seu passaporte para sair dali, mas a máquina parece quebrada. Tentando recuperar Tory, professor Lund tenta ir ao seu encontro mas há muitas pessoas indo em direção contrária, já que a cidade está sendo evacuada. Em uma das esteiras rolantes, ele acaba caindo na água mas é salvo por um oficial Jenny. A Equipe Rocket aparece novamente, faminta, e avistam Deoxys. O Pokémon espacial cria várias cópias negras que começam a capturar vários humanos, inclusive os Rockets. Rayquaza chega a cidade mas seu ataque é bloqueado pela enorme barreira que Deoxys, na Forma Defesa, invoca. Por causa da cidade, nada pode sair ou entrar. Shota e seu Blastoise conseguem abrir a porta da estufa mas os clones de Deoxys os pegam, fazendo os outros recuarem. Tory os leva para uma saíde de emergência enquanto Blaziken e Pikachu detém os Deoxys que aparecem na porta principal. Tory usa uma senha para abrir a porta e Ash e Ryu conseguem voltar a tempo com seus Pokémons, não antes de Ash ser eletrocutado por Pikachu para ser salvo de um Deoxys. Eles aparecem longe da estufa, onde se encontram com Yuko. Enquanto isso, Plusle, Minun e outros Pokémons selvagens tentam fugir dos Deoxys. Plusle e Minun vão para baixo de uma "calçada" de madeira a beira do rio, onde se encontram com Munchlax. Eles entram em um cano e são seguidos pelo Pokémon guloso. Na cidade próxima, professor Lund recolhe as informações da oficial Jenny e descobre que seu filho e sua mulher ainda estão em LaRousse, junto com os heróis e várias outras pessoas. Dentro da cidade caótica, os treinadores descobrem que nem mesmo as Pokébolas funcionam, não podendo recolher ou liberar seus Pokémons. Yuko explica que Deoxys apareceu na cidade depois de surgir de um meteóro e de ser regenerado de uma intensa batalha contra Rayquaza, que protegia seu território. Max ainda pergunta se, já que os clones de Deoxys são considerados sombras, eles poderiam atravessar paredes, mas isso não é comentado pois todos se assustam com um barulho de um dos dutos do lugar. Se aliviam quando descobrem que é Plusle e Minun, seguido de Munchlax, que entala na entrada do duto mas é solto por Max e as irmãs gêmeas. Ash, Brock e Tory vão buscar comida e água, e Ryu, Shota e Hitomi partem para resgatar os humanos e Pokémons capturados. Dentro do refúgio, as garotas ficam preocupadas e Plusle e Minun fogem para o duto de onde chegaram. Como o passaporte de Tory não funciona na máquina de cachorro-quentes, Pikachu tenta usar sua eletricidade e eles conseguem abri-la. Os clones de Deoxys se aproximam e eles fogem. Plusle e Minun chegam para ajuda-los, mas Minun é capturado. Mais clones aparecem e os heróis fogem, se refugiando em um lugar onde conseguem água. Ali, Tory se sente culpado pela captura de Minun, e ainda não consegue encostar em Plusle. Ryu, Shota e Hitomi descobrem para onde os Deoxys estão levando todos. Fora da cidade, Rayquaza ainda luta para atravessar a barreira. Todos voltam ao refúgio onde agora têm comida e água. Yuko analisa um vídeo que Hitomi gravou de um Deoxys que pega a máquina de cachorros-quentes, mas o descarta. Surskit, que estava dormindo, se agita, e os heróis percebem a chegada dos clones. Eles são salvos por Yuko, que os leva a um laboratório subterrâneo. Esse laboratório na verdade é onde Yuko e professor Lund tentavam criar um Deoxys a partir do cristal verde, que na verdade é um ovo Pokémon. O ovo começa a brilhar e a mesma entidade amiga de Tory aparece. Hitomi descobre que os Deoxys usam as luzes para se comunicar. O ovo verde fazia isso como o "amigo" de Tory, e Deoxys fez isso usando a aurora roxa. Deoxys pretende recuperar o seu ovo. Enquanto isso, lá fora, uma nova aurora aparece e Rayquaza ainda investe contra a barreira. Os heróis planejam, com a ajuda dos Pokémons e pessoas capturadas, reativar as fontes eólicas para obter a energia necessária para reviver o ovo Deoxys. Porém, no caminho, Deoxys aparece, e mesmo dizendo que não são inimigos, são atacados por seus clones. Ryu fica para trás com seu Blaziken, enquanto os outros continuam. Talvez por causa da distração que Blaziken proporciona, Rayquaza consegue atravessar a barreira e entrar na cidade. Enquanto alguns clones pegam Blaziken e Ryu, muitos outros lutam contra Rayquaza. Tentando vencer os Deoxys, Rayquaza começa a destruir a cidade. Ryu se junta a Shota e tenta ligar a eletricidade. No lado de fora, Ash e Tory se aproximam com Pikachu e Plusle. Rayquaza consegue destruir todos os clones e encara o verdadeiro Deoxys. Com os choques de Pikachu, Plusle e Minun, que está dentro da construção, eles conseguem preencher a carga do lugar, abrindo a porta. Plusle e Minun se unem novamente. Enquanto isso, a batalha Deoxys vs. Rayquaza começa e a cidade é a que mais sofre com os poderosos ataques. Ash e Tory voltam ao laboratório junto com Yuko enquanto o resto da cidade se esforça para que as fontes eólicas funcionem. Humanos usam cordas para girar as hélices enquanto Pokémons usam seus poderes. Até a Equipe Rocket ajuda girando alguns pedais. Tory tem as honras de ligar o interruptor, e as máquinas começam a trabalhar com o ovo Deoxys. Yuko ainda diz que não possuem energia o suficiente, e Pikachu, Plusle e Minun preenchem a carga. O vidro que envolvia o ovo se quebra e diantes dos olhos de Ash, Tory, Yuko, Pikachu, Plusle e Minun, um novo Deoxys aparece. Ele faz a entidade amiga de Tory aparecer, e logo todo o laboratório brilha. Usando seu poder psíquico, Deoxys leva Tory e Ash para fora onde toda a cidade os observa. Perto dali, Rayquaza parece vencer Deoxys e o joga no chão, fazendo um grande buraco. Toda a barreira que envolvia a cidade se quebra e a energia volta. Mas Deoxys aparece da cratera e ataca furiosamente Rayquaza, que não consegue se proteger. Rayquaza também cai no chão, formando uma cratera, e continua sendo atacado por Deoxys. Mas no último ataque Rayquaza é protegido pelo Deoxys recém-criado. Os dois Deoxys ficam frente a frente e se comunicam com suas auroras, uma verde e uma roxa. Os Deoxys parecem gostar do momento mas Rayquaza volta e ataca ambos, fazendo as auroras desaparecerem. Eles atacam Rayquaza que cai emcima do prédio onde Ash e Tory estavam momentos antes, sendo salvos pelos Deoxys. A batalha continua e os ataques danificam uma torre que controlava os robôs da cidade, ativando o sistema de defesa da cidade. Quando os Deoxys jogam Rayquaza no chão, os robôs atacam Rayquaza, mas os Deoxys o protegem, na Forma Defesa. Porém são milhares de robôs, até que o professor Lund se comunica com Tory através de um grande telão. Ele diz que Tory precisa usar seu passaporte para acessar o chamado "Robô Primário", que controla todos os robôs, para que pudessem desativar o sistema de defesa da cidade. Eles avistam um robô em forma de "H" e decidem subir em uma torre próxima para alcança-lo. Pulando emcima da máquina de cachorro-quente que estava flutuando sobre o "mar de robôs", Ash e Tory se aproximam da torre mas são atrapalhados por Munchlax, que estava dentro da máquina. O Pokémon cai entre os robôs, mas evolui para Snorlax, possibilitando que Ash suba nele para alcançar a torre. Tory não tem a mesma sorte e vai embora entre os robôs. Ash e Pikachu, pulando de robô em robô, alcança o "Robo Primário", mas o passaporte de Ash acaba caindo. Tory joga seu passaporte para Ash mas ele não alcança. Pikachu se joga e rebate o passaporte para Ash, caindo sobre os robôs. Quando faltava segundos para os robôs engolirem os heróis, Ash usa o passaporte de Tory para acessar o "Robô Primário" e a oficial Jenny suspende o sistema de defesa. Os robôs param mas Plusle e Minun acabam caindo de um deles, sendo agarrados por Tory. Eles são salvos pelo Deoxys recém-criado, enquanto Pikachu é retirado de cima da cabeça de Rayquaza pelo outro Deoxys. Ash também é pego pelo Deoxys e eles voam pela cidade, avistando Rayquaza desaparecer no horizonte. Snorlax, que também cai entre os robôs, também está salvo, cochilando em uma montanha deles. Todos se unem e percebem que Tory perdeu o medo de Pokémons quando brinca com Plusle e Minun. No céu, eles observam novamentes as duas auroras e se despedem do casal Deoxys. Ash agradece por Pikachu sempre estar ao seu lado. Um pouco longe dali, a Equipe Rocket continua pedalando, imaginando quando deveriam parar. Nos créditos finais, Rayquaza aparece sobrevoando nos limites da atmosfera terrestre. Tory, Yuko e o professor Lund se despedem dos demais na estação. Parando em outra estação, se despedem, Ryu, Audrey e Catherine. Em outra estação, Shota acaba batendo em um poste na despedida. Brock chora quando precisa de despedir de Hitomi na estação seguinte. Ash, May, Max e Brock saem do mêtro e acampam em torno de uma fogueira, a noite. De dia, continuam sua jornada Pokémon. Segue várias imagens de Pokémons que apareceram no filme, inclusive imagens deles dançando.